قصة أنمي Phi Brain: Kami no Puzzle تدور حول فتى في المدرسة الثانوية يقوم بتحدي مجموعة من العباقرة بالألغاز تدور حول المغامرات المدرسيـة الطالب كايتو , طالب محب للألغاز يدرس في ثانوية خاصة تدعى Root Academy , و اختير كمرشح لـ Phi Brain نظراً إلى مهاراته العقلية الغير عادية , و في يوم ما, يقف كايتو و نونوهـا صديقة كايتو منذ الطفولة على حل لغز مخبأ في أطلال تحت الأرض بالقرب من المدرسة هنـا يصل جهاز لكايتو من قبل رئيس مجلس الطلاب و تبدأ الحكـاية.
